Botkyrka ligger på ön Södertörn i landskapet Södermanland och gränsar till kommunerna Huddinge, Södertälje, Salem, Haninge, Nynäshamn samt Ekerö via Vårbyfjärden. I norr gränsar kommunen till Mälaren via Slagstafjärden och Fittjaviken. Två sydliga utlöpare av Mälaren, Albysjön och Tullingesjön finns och den förstnämnda ligger på gränsen till Huddinge kommun medan den andra ligger utanför Tullinge. Norra kommundelen domineras till stor del av bebyggda områden, medan den södra delen består av mycket skog och äng. Längst i söder tar kommunen även del av havet genom Grödingeviken, en del av Östersjön.
